أُحدث قسم جراحة المخ والأعصاب عام 1984م، حيث جرى استقلاله عن قسم الجراحة العامة، ويعدُّ أنَّه أول قسم يوفر برنامجاً للتدريب وتخريج كادر طبي متخصص في جراحة المخ والأعصاب (برنامج الزمالة في جراحة المخ والأعصاب).

حيث يتخرج من البرنامج أطباء متخصصون في جراحة المخ والأعصاب، علاوة على تعليم طلاب كلية الطب.

ويمتلك القسم أحدث الأجهزة الطبية التي تعزز مستوى توفير الخدمات الطبية التعليمية والعلاجية.