أُحدث قسم جيولوجيا المياه كاختصاص مستقل في معهد الجيولوجيا التطبيقية عام 1390هـ، واستهل ببرنامج الدراسات العليا حتى عام 1395هـ، حيث انضمَّ المعهد إلى جامعة الملك عبد العزيز، وجرى توحيد قسم الجيولوجيا في كلية العلوم مع معهد الجيولوجيا التطبيقية تحت اسم كلية علوم الأرض، وأصبح واحداً من أقسام الكلية، والذي يقدِّم درجات البكالوريوس والماجستير والدكتوراه.