صدر القرار السامي رقم (14500) وتاريخ 4/12/1405هـ بإحداث كلية طب الأسنان بأقسامها الأربعة، حتى تكون ضمن منظومة كليات جامعة الملك عبد العزيز المرموقة، وهي الكلية الثانية على صعيد المملكة بعد كلية طب الأسنان في جامعة الملك سعود، والتي صدرت الموافقة على تأسيسها عام 1395هـ.

وفيما بعد أقرَّ وزير التعليم العالي القرار رقم (271) وتاريخ 02/02/1435هـ بتنظيم الأقسام العلمية في كلية طب الأسنان إلى عشرة أقسام بشعبها المختلفة.

وحازت كلية طب الأسنان أثناء مسيرة التطوير والجودة على اعتراف المنظمة الأوروبية لتعليم طب الأسنان (ADEE) عام 2008م، ونالت أيضاً الاعتماد الأكاديمي البرامجي الوطني من المركز الوطني للتقويم، والاعتماد الأكاديمي (NCAAA) عام 2017م ولمدَّة سبع سنوات.

إضافة إلى أنها حظيت بجائزة الملك عبدالعزيز للجودة عام 2018م نتيجةً للمعايير العالمية في عمل الكلية.