تأسَّس قسم العلوم الطبية أحد أقسام كلية العلوم التطبيقية في جامعة أم القرى بمكة المكرمة عام 1403هـ، بعد قبول المجلس الأعلى للجامعات في جلسته الأولى بتاريخ 20/05/1403هـ، واُستقبلت الدفعة الأولى التي كانت تضمُّ (20) طالباً في عام 1405هـ، وكان هذا القسم البذرة الأولى لجميع الكليات الطبية لاحقاً في جامعة أم القرى.

وجاءت الموافقة الكريمة على قرار مجلس التعليم العالي بتحويل (قسم العلوم الطبية) إلى (كلية الطب والعلوم الطبية) عام 1416هـ واُستقبلت الدفعة الأولى بكلية الطب والعلوم الطبية عام 1419هـ.

وصدر قرار كريم بفصل قسم العلوم الطبية عن كلية الطب ليكون بذلك كلية مستقلة تحمل اسم كلية العلوم الطبية التطبيقية في عام 1426هـ، وتضمُّ (8) اختصاصات إحداها صحة الفم والأسنان.

وقام مدير الجامعة عام 19/12/1427هـ، بتشكيل لجنة لإحداث كلية طب الأسنان، وتبعاً لاقتراح اللجنة وقرار مجلس كلية العلوم الطبية التطبيقية الرابع بتاريخ 06/02/1428هـ، تقرًّر تحويل قسم صحة الفم والأسنان بكلية العلوم الطبية التطبيقية إلى كلية طب الأسنان.

وألزم المجلس العلمي للجامعة في جلسته الثامنة عشر في 28/04/1428هـ، بإحداث كلية طب الأسنان وتشكيل لجان لمتابعة تجهيز الكلية، و وضع الخطط وتقدٍّيم البرامج، والاستفادة من ذوي الخبرة في طب الأسنان.

وأوصى مجلس الجامعة خلال جلسته السابعة في 15/06/ 1428هـ، بإنشاء أربعة أقسام وهي:

قسم علوم الفم الأساسية والسريرية، قسم وقاية الأسنان، قسم جراحة الوجه والفكين وعلوم التشخيص، وقسم العلاج التحفظي وإصحاح الأسنان.

وبناءً على ذلك قررت الأمانة العامة لمجلس التعليم العالي بتأسيس كلية طب الأسنان بجامعة أم القرى بالقرار رقم (13/47/1428)، وتاريخ 27/08/1428هـ، وتمت موافقة المقام السامي بالتوجيه الكريم رقم 8626/ م ب وتاريخ 27/09/1428هـ، حيث باشرت الكلية أعمالها بتاريخ 17/10/1428هـ، وقد بدأت الدراسة في الكلية عام 1430هـ.