أُحدثت كلية الطب في جامعة الحدود الشمالية عام 1427هـ 2007م، مع نشوء جامعة الحدود الشمالية وتأسيس بعض الكليات كانت إحداها كلية الطب في مدينة عرعر، كأول كلية للطب في منطقة الحدود الشمالية.

واُستقبلت أول دفعة طلاب (30) طالباً و (30) طالبة حيث جرى تطبيق برنامج بكالوريوس جامعة الملك عبدالعزيز بجدة‏ للطب البشري حتى يكون المنهج المقرر في تدريس المواد المختلفة، وتدرَّس المواد الطبية الرئيسية ثم مواد السنوات السريرية ثم سنة امتياز تدريبية.

يتبع نظام الدراسة في السنتين الأولى والثانية ما يعرف بالنظام الفصلي، ومن السنة الثالثة حتى السادسة نظام الدورات القصيرة، حيث يدرس الطالب مقرراً واحداً فقط في مدَّة محددة، وينتهي منه قبل البدء بدراسة المقرر التالي.

تتعلَّم الطالبات في مجمع الكليات الصحية للبنات في حي المساعدية، ويتعلَّم الطلاب في بناء العلوم كلية المعلمين سابقاً، وانتقل طلبة العلوم السريرية ذكوراً وإناثاً إلى بناء الشؤون السريرية لكلية الطب القريب من مستشفى الأمير عبدالعزيز بن مساعد عام 1433هـ، مع العلم بأن البناء الجديد لكلية الطب والمستشفى الجامعي قيد الإنشاء.

وباعتبار عدم وجود مستشفى جامعي، وللضرورة القصوى في قيام مستشفى تعليمي خاص بكلية الطب، فقد وُقِّعت مذكَّرة تفاهم بين مديرية الشؤون الصحية نيابةً عن وزارة الصحة، وكلية الطب بالوكالة عن جامعة الحدود الشمالية عام 1433هـ وهي مستمرة حتى هذه اللحظة.

ومن أجل تنمية مناهج الكلية بما ينسجم مع ضرورات سوق العمل واحتياجات الاعتماد الأكاديمي، جرى تحديث الخطة الخاصة ببرنامج بكالوريوس الطب والجراحة عام 1437هـ.

وانطلاقاً من أهمية التعاون العالمي والتبادل المعرفي فقد وقعت جامعة الحدود الشمالية معاهدات تعاون مع جامعة روان الفرنسية وجامعة جورج واشنطن بالولايات المتحدة الأمريكية لتأهيل المميزين من طلبة السنوات السريرية أثناء فترة الصيف.

‏فقد تفوق خريجو كلية الطب إلى جانب إحرازهم سنوياً المراتب الأولى بين زملائهم في كليات الطب السعودية، في امتحانات الرخصة الطبية السعودية (SMLE)، ونيل نسبة كبيرة منهم على قبول برامج الدراسات العليا مثل البورد العربي والبورد السعودي، حتى إنَّ البعض منهم انضمَّ إلى البورد الأمريكي والبورد الكندي .