أُحدثت كلية الطب في فرع جامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة تبعاً لقرار مجلس التعليم العالي رقم(2/11/1419) في 13/2/1419هـ ومصادقة المقترح رقم (167/8) وتاريخ 29/3/1419هـ.

واُستهلت الدراسة في السنة الأولى لفصلي الطلاب والطالبات مع مطلع العام الجامعي 1421/1422 هـ،
ضمن قسم علم الأحياء والكيمياء الطبيعية بكلية العلوم في فرع الجامعة بالمدينة المنورة، وجرى تدريس المواد التحضيرية مع مواد أخرى في كلية التربية بفرع الجامعة، مثل اللغتين العربية والإنجليزية والدراسات الإسلامية وتكنولوجيا المعلومات.

ومع مطلع العام الجامعي 1422/1423هـ اُستهلت العملية التعليمية بالسنة الثانية لفصلي الطلبة والطالبات بالكيمياء الحيوية السريرية والتشريح و وظائف الأعضاء التي جرى إحداثها مؤخراً.

وفي مطلع العام الجامعي 1423/1424 هـ أُحدثت ثلاثة أقسام جديدة: علم الأمراض والطفيليات والكائنات الدقيقة لمتابعة تدريس المواد المقررة لطلبة وطالبات السنة الثالثة.

وجرى تعيين البرنامج الدراسي الخاص بكلية الطب البشري في جامعة الملك عبد العزيز بجدَّة، والذي وزَّع الخطة الدراسية على النمط السنوي، مخصصاً لأول ثلاث سنوات العلوم الطبية الرئيسية، يتبعها المرحلة الإكلينيكية في السنوات الثلاث اللاحقة، مع وجود سنة امتياز بأحد مستشفيات الجامعة.

وقد جُهِّزت الأقسام العلمية بالمعدَّات الحديثة لإنجاز التجارب في المخابر الخاصة بكل قسم، وزُودت مدرجات الدراسة بأجهزة عرضٍ سمعية وبصرية، والمكتبة بالمراجع الحديثة.

وأسَّست الكلية الأقسام الإكلينيكية لاستدراك البرنامج التعليمي، الذي يضمُّ السنوات الثلاث الأخيرة، وجذب القوى العلمية من أعضاء الهيئة التدريسية، والتشارك مع مستشفى الملك فهد ومستشفى أُحد ومستشفى المدينة للنساء والولادة والأطفال ومستشفى الأنصار.

وتتحدَّد غاية الكلية من البرنامج الطبي تخريج الأطباء والطبيبات ممن ينعمون بالخبرات والمعلومات الرئيسية لمزاولة العمل كأطباء امتياز في الأقسام الإكلينيكية ومواصلة الاختصاص في فروع الطب لاحقاً.

ومن أجل تحقُّق هذه الغايات أخذت الكلية بحسبانها ضرورة تطوير البرامج الدراسية حتى تراعي احتياجات الطبيب المعاصر، وما وصل إليه التطوُّر السريع في العلوم الطبية الحديثة، فشُكَّلت هيئة المناهج لاستمرار تنفيذ الخطة الدراسية، ومتابعة تطويرها بما يخلق الانسجام بين الرؤى والقدرات الراهنة.

واعتنت الكلية منذ تأسيسها بالنشاطات اللاصفية، فشكلت الهيئات الثقافية والرياضية والاجتماعية، وكان من أهم نشاطاتها الفرق الرياضية في مسابقات دوري الجامعة، ومشاركة طلاب الكلية في المسابقات الثقافية، وتخرجت أول دفعة من كلية الطب عام 1428هـ.