أقرَّ المجلس الأعلى للجامعات إحداث قسم (العلوم الطبية) في عام 1403هـ الموافق 1983م، في جلسته الأولى بتاريخ 20/05/1403هـ، كأحد الأقسام العلمية المتصلة بكلية العلوم التطبيقية في جامعة أم القرى بمكة المكرمة.
واُستقبلت الدفعة الأولى (20 طالب) في عام 1405هـ، وأصبح هذا القسم بذرةً لإحداث كلية الطب والعلوم الطبية.

كما وافق المقام السامي على قرار مجلس التعليم العالي القاضي بتحويل (قسم العلوم الطبية) إلى (كلية الطب والعلوم الطبية) في العام 1416هـ الموافق 1995م.
واُستقبلت دفعة الطالبات الأولى في قسم العلوم الطبية بكلية الطب والعلوم الطبية عام 1419هـ.

وتحوَّل قسم العلوم الطبية بكلية الطب والعلوم الطبية بجامعة أم القرى ليكون كلية مستقلة تحمل اسم (كلية العلوم الطبية التطبيقية) بناءً على موافقة مجلس الجامعة بقرار رقم (7/36/1426هـ)، الصادر بتاريخ 26/2/1426هـ، وتكلَّل بالموافقة السامية على محضر الجلسة بالتوجيه البرقي الكريم رقم(7710/م ب) وتاريخ 07/06/1426هـ.

وتحرص كلية العلوم الطبية التطبيقية بعد أن صدر قرار عزلها عن كلية الطب إلى استيفاء بنيتها الأكاديمية والمعمارية، وممارسة مهامها المحدَّدة في تخريج الكفاءات الوطنية المؤهلة على أعلى مستوى للاندماج في خدمة الوطن وبلوغ رغبات الحكومة السعودية.

وقد وصلت الكلية إلى مستويات كبيرة في هذا المجال باللجوء إلى نخبة مميزة من الخبرات الوطنية، ومن أعضاء الهيئة التدريسية المتعاقدين في كافة الاختصاصات.

وتنتظر إدارة الكلية استلام المبنى الجديد خلال السنتين القادمتين، والذي سوف يكون على أعلى مستوى من المعدَّات، للاستجابة لكل احتياجات الفروع التعليمية داخل الكلية، واقتراب تجهيز المستشفى الجامعي الذي سيلعب دوراً فعَّالاً في ترسيخ مهارات الخريجين، وبقية الاختصاصات الداعمة بالمستشفى.

وكانت كلية العلوم الطبية التطبيقية أول كلية على مستوى جامعة أم القرى تنال الاعتماد الأكاديمي الدولي الألماني لجميع برامجها الدراسية في عام 1436هـ، بما يعتبر اعترافاً دولياً باتِّساق كلية العلوم الطبية التطبيقية مع المعايير الدولية، الأمر الذي يضاعف ثقة الجامعات العالمية وسوق العمل الداخلي والخارجي في خريجي كلية العلوم الطبية التطبيقية، ويكون له انعكاس إيجابي علي المسيرة المقبلة لخريجي الكلية في الحياة العملية والعلمية القادمة.