أُحدثت كلية العلوم الطبية التطبيقية عام 1426هـ بمقترحٍ كريم يوجب تغيير اسم كلية الطب والعلوم الطبية إلى كلية الطب.

ثم بعد ذلك تأسَّست كلية العلوم الطبية التطبيقية لتكون الكلية الصحية الثانية في جامعة طيبة بالمدينة المنورة.

وجرى إنشاء الكلية من أجل تلبية حاجة المجتمع من الكوادر الصحية المختصة في كل النواحي الطبية التشخصية والوقائية، وحتى تساير مستوى الخدمات الصحية المتطورة، وترقى إلى مستوى التقدم العلمي والتقني في المجالات الصحية.

وتضمُّ كلية العلوم الطبية التطبيقية الأقسام الأكاديمية التالية: قسم تقنية المختبرات الطبية، قسم التغذية السريرية، وقسم تقنية الأشعة التشخيصية.