تُعدُّ كلية العلوم من أكبر وأعرق كليات جامعة طيبة بالمدينة المنورة، وأُحدثت تبعاً لقبول المقام السامي رقم (7/ ب/5538) وتاريخ 20/4/1418هـ.

واستهلت الكلية بقسمين فقط هما: قسم الفيزياء، وقسم الرياضيات، وبعد سنة واحدة من المباشرة، اُفتتح ثلاثة أقسام جديدة هي: قسم الأحياء، قسم الكيمياء، قسم الحاسب الآلي الذي تحوَّل إلى كلية مستقلة لاحقاً، وتتضمَّن الكلية خمسة أقسام هي: الرياضيات، والإحصاء، الكيمياء، الفيزياء، الأحياء، والجيولوجيا.

وتبعاً لقرار سيادة رئيس الجامعة، جرى ضمُّ كلية العلوم التطبيقية مع كلية العلوم عام 1434/1435هـ، وتعمل كلية العلوم على جذب أفضل الطلبة، واصطفاء النخبة من أعضاء الهيئة التدريسية والباحثين المميزين، وتقدِّم لذلك بيئة دراسية وبحثية مثيرة للتعلُّم والإبداع.

كذلك تشهد الكلية نمواً مطرداً في الاختصاصات الأكاديمية والعلمية، وتقدُّماً مُستمراً في الخطط الدراسية، وتصاعداً بدرجة البحث العلمي ضمن نظرة علمية، وتعزيز ذلك من جهة أعضاء الهيئة التدريسية، وإرساء أسسه وأصوله عند طلاب الكلية.

وتتوق الكلية إلى تحقيق الريادة بين كليات الجامعة، ومتابعة التغيرات في العالم، وتُقدِّم في أقسامها برامج ممتازة وفعَّالة، لإعداد خبرات مميزة بالعطاء ومبدعة في التخصص، وتستجيب مُخرجاتها لسوق العمل، وتكريس مهمتها في إعداد كوادر مؤهلة من الخريجين المميزين، ممن سوف يسهمون في تطور جامعتهم وبلدهم بأساليب حسنة وفعَّالة، وتسعى الكلية إلى تأسيس شراكات مُجتمعية مُميزة، والاتجاه إلى الجودة وتحقيق الاعتماد الأكاديمي.