تأسَّست كلية الهندسة بعد أن اتخذ القرار رقم (9331/ق) بتاريخ 19/6/1431هـ بتطبيق أسس التنسيق الأكاديمي في فرع الجامعة شمال جدة، وقد احتوى القرار تشكيل الأقسام العلمية كما يلي:

• فرع الهندسة الكيميائية.
• هندسة المواد.
• فرع الهندسة الحرارية وتقنية تحلية المياه.
• فرع هندسة الإنتاج وتصميم النظم الميكانيكية.
• فرع الهندسة الصناعية.
• فرع الهندسة المدنية.
• فرع الهندسة الكهربائية.
• هندسة الحاسبات.

ولكن عند إحداث الكلية كانت الأقسام المفعلة هي: هندسة الحاسبات، الهندسة الصناعية، الهندسة الميكانيكية، الهندسة الكهربائية .

واتخذ مدير الجامعة قراراً رقم (1773/ق) بتحويل فرع كلية الهندسة شمال جدة إلي كلية منفصلة بتاريخ 16/3/1434هـ، وتشمل الأقسام العلمية:

• الهندسة المدنية.
• هندسة الحاسبات.
• الهندسة الصناعية.
• الهندسة الميكانيكية.
• الهندسة الكهربائية.
• الهندسة الكيميائية.
• هندسة المواد.

وأصدر خادم الحرمين الشريفين أمراً بتاريخ 2/6/1435 هـ جاء فيه تحويل فرع جامعة الملك عبدالعزيز شمال جدة إلى جامعة منفصلة تحت اسم جامعة جدة، وتتضمَّن هذه الجامعة بعض الكليات، وكلية الهندسة واحدةٌ منها.