يعتبر قسم الجغرافيا من أعرق الأقسام في جامعة ام القرى، حيث كان واحداً من أقسام كلية التربية بمكة المكرمة، وعند إعادة هيكلة كلية المعلمين تحت اسم كلية التربية عام 1385هـ واكب قسم الجغرافيا هذه الكلية في مسيرتها حتى عام 1404هـ.

ولم يقتصر القسم على الرغم من مسماه (قسم الجغرافيا) بتدريس المقررات الجغرافية فقط، إنَّما كان يتضمن نخبة من أعضاء الهيئة التدريسية في التاريخ الإسلامي والحضارة عام 1386هـ ضمن كلية الشريعة والدراسات الإسلامية، واستمر التشارك بين الكليتين والقسمين لإنجاز أول خطة دراسية للاختصاص في الجغرافيا والتاريخ، والتي اُعتمدت من وزارة المعارف رقم (572) بتاريخ 11/ 4/ 1382هـ.

وشهد قسم الجغرافيا منذ تأسيسه عام 1384هـ نشاطاً ثقافياً وعلمياً وإدارياً متميزاً، وقد اعتنى بتنفيذ أهداف الخطط التنموية الشاملة بالمملكة، ومن مراحل التنمية إحداث برنامج الدراسات الجامعية الذي تضمن إنشاء شعبة التقنيات الجغرافية والخدمات عام 1418هـ.

ويجري تحديث برامج القسم بما يتلاءم مع المستجدات والتغيرات المتسارعة، علاوة على تعديل اسم الشعبة إلى شعبة (نظم المعلومات الجغرافية، والاستشعار عن بعد).

كذلك أحدث القسم برنامجي الماجستير والدكتوراه للدراسات العليا في الجغرافيا.