أُحدث قسم علم الطفيليات الطبية بعد التصديق عليه عام 1417هـ، تحت إشراف كلية الطب والعلوم الطبية.

ويعدُّ قسم الطفيليات الطبية في كلية الطب أحد أقسام العلوم الأساسية المعاصرة التي أُحدثت بكليات الطب في المملكة، فالمختصون في هذا المجال أظهروا اهتماماً بالغاً بهذا العلم اعتباراً من طبيعة المملكة التي تتميز بمناخ جاف وحار، وكذلك وجود المنخفضات والمرتفعات والعديد من المستنقعات والأودية، مما يجعلها ملائمة لتفشِّي الأمراض الاستوائية، مثل: أمراض البلهارسيا والليشمانيا والملاريا نتيجة وجود المسبب والناقل والعائل للأمراض.

يُعنى القسم بتدريس مادة الطفيليات التشخيصية لبرنامج طب المختبرات في كلية العلوم الطبية التطبيقية، ومقرر الطفيليات لبرنامج الطب والجراحة في كلية الطب، والمساهمة في تدريس المحاضرات الخاصة بالأمراض الطفيلية في العديد من الاختصاصات الصحية الأخرى في الكليات الصحية.

ويرجو القسم من خلال البحوث التي يقدِّمها أن يكون له دور مؤثر في منفعة هذا الصرح، وأن يغدو من المرجعيات العالمية التي تساهم في خدمة المجتمع، ويكون مستعداً لاستقبال الحالات المرضية من المستوصفات والمستشفيات العامة والخاصة، وبناء مرجعية تشخيصية تُستثمر في منشآت مكة الصحية ومواسم الحج والعمرة.