أُحدث قسم الأمراض الباطنة عام 1397هـ، وكان يتضمن قسم أمراض الأطفال عدداً ضئيلاً من الأسرَّة مما استدعى الاستعانة ببعض مستشفيات وزارة الصحة، وانفصل قسم طب الأطفال وأصبح مستقلاً بذاته عام 1398هـ، ثم تلا ذلك انتقال قسم الأمراض الباطنة إلى الجناح الراهن عام 1399هـ، وأصبح وحدة منفصلة تتضمن (36) سريراً ازداد عددها إلى (65) سريراً عام 1410هـ، وحتى يستطيع القسم استيفاء مسؤوليته الدراسية استعان بمستشفى الملك خالد للحرس الوطني ومستشفيات وزارة الصحة.

ويتضمن القسم حالياً بالمستشفى الجامعي ما يقارب (56) سريراً للرجال و(62) سريراً للنساء، إضافة إلى وحدة العناية اليومية حوالي (25) سريراً لعلاج مرضى أمراض الدم والأورام السرطانية، و (12) سريراً في وحدة غسيل الكلى ووحدة المناظير، ويتضمن القسم اختصاصات دقيقة أخرى تُعنى بخدمة المرضى وتحقيق أهداف التعليم الطبي والتدريب وهي: الغدد الصماء، الأمراض المعدية، أمراض المناعة، أمراض الروماتيزم، أمراض الكلى، الجهاز الهضمي والكبد، أمراض القلب، الأمراض التنفسية، الأورام السرطانية، الأمراض النفسية، الأمراض العصبية، الأمراض الجلدية والتناسلية والعقم.

ويُعنى القسم بتدريب الأطباء في إطار برامج الزمالات البريطانية والعربية والبورد السعودي.