قسم الجراحة من الأقسام السريرية الحيوية التي عاصرت الكلية منذ تأسيسها، ويوفر القسم خدماته المستمرة من خلال العيادات المتخصصة الخارجية، والعيادات العامة التي يجري تحويل الحالات الجراحية من خلالها.

ويوفر القسم خدماته طوال (24) ساعة يومياً خلال أيام الأسبوع لإسعاف إصابات الحوادث والحالات الطارئة، ويتضمن القسم شعباً اختصاصية دقيقة مثل: جراحة المخ والأعصاب، وجراحة الأطفال، وجراحة القلب والصدر والأوعية الدموية، وجراحة التجميل، وتلعب دوراً مهماً بالنسبة للمرضى أو التعليم الطبي.

واستقلت شعب العيون والمسالك البولية والتخدير والعظام لتكون أقساماً منفصلة عام 1411هـ.

ويُعنى قسم الجراحة بمرضى العيادات الخارجية، ويقوم أعضاء الهيئة التدريسية بإجراء العمليات الجراحية، إضافة إلى أنَّ القسم يتيح فرصة التدريب السريري لطلاب وطالبات الطب وطلاب الدراسات العليا وأطباء الامتياز وطب الأسنان وهيئة التمريض في السنوات الأخيرة، ويعمل أعضاء هيئة التدريس على القيام بالبحوث في مجالات الاختصاص.