أُحدث قسم الجيولوجيا البحرية في كلية علوم البحار بجامعة الملك عبد العزيز عام 1398هـ بالتزامن مع انفصال وتحول قسم علوم البحار من كلية العلوم إلى معهد علوم البحار.

ثم انتقل المعهد إلى كلية علوم البحار عام 1401هـ.