مع الأخذ بالحسبان خطط التنمية في المملكة العربية السعودية المواكبة للتقدم العالمي في مجالات العلوم والتكنولوجيا، والتي تتكون من ضرورة الاستثمار الاقتصادي الأفضل للثروات الطبيعية البحرية للحصول على موارد جديدة من الطاقة والماء العذب، فقد أُحدث قسم الفيزياء البحرية بقرار المجلس الأعلى للجامعة رقم (2) بتاريخ 6/7/1398هـ، وصمَّم القسم أهدافه التي تدعم تحقيق خطط التنمية في المملكة العربية السعودية، ويعتبر القسم المتفرد الوحيد على مستوى دول مجلس التعاون الخليجي.