استهل القسم مع تأسيس كلية الطب عام 1395هـ، وكانت أقسام علم الأمراض والطفيليات والكائنات الدقيقة موحدة ضمن قسم واحد من الناحية الإدارية، وبعد ما تزايدت نشاطات الأقسام في الكلية استقلت هذه الأقسام عن بعضها البعض وأصبح كل قسم منها قائماً بذاته.