أُحدث القسم بالتزامن مع تأسيس كلية الطب في جامعة جدة عام 1431هـ، وكانت أقسام الكائنات الدقيقة وعلم الأمراض والطفيليات متوحدة ضمن قسم واحد من الناحية الإدارية، ولكن بعد ازدياد نشاطات الأقسام انفصلت هذه الأقسام عن بعضها البعض، وأصبح كل قسم منها قائماً بذاته.