أُحدث قسم جراحة المسالك البولية كوحدة لاحقة في قسم الجراحة العام عام 1401هـ، ثم أصبح قسماً مستقلاً عام 1411هـ.

يوفر القسم خدمات علاجية تتضمن: الحالات المستعصية المحولة من مستشفيات المنطقة الشرقية، ومعالجة حالات الطوارئ، علاوة على الخدمات الأكاديمية.

وتُجرى الجراحات الدقيقة باستعمال مناظير البطن الجراحية للكبار والأطفال، ومناظير المثانة والحالب والكلى.

ويتضمن القسم وحدة معاصرة لتفتيت حصى الكلى والحالب، ووحدة متكاملة لقياس ديناميكية التبول.