اُفتتح قسم جراحة المسالك البولية بالتزامن مع تأسيس المستشفى الجامعي كشعبة ضمن قسم الجراحة ثم تحول إلى قسم قائم بذاته عام 1411هـ،

واستمر في التقدم حتى أصبح أحد أبرز الأقسام على مستوى المملكة العربية السعودية.