استهل قسم الأطفال عمله في نطاق قسم الأمراض الباطنة حتى أصبح قسماً مستقلاً عام 1398هـ، ويتضمن جناحاً داخلياً (40) سريراً لمعالجة الأطفال حتى (12) سنة، وقسم آخر خارجي يتضمن العيادات الخارجية، وقسم الحضانة الذي يعنى بمرضى العيادات الخارجية في (30) عيادة متخصصة للأطفال، و(3) عيادات للطفل المعافى أسبوعياً، ويقدِّم القسم الحالات السريرية الضرورية لتدريب طلاب وطالبات الطب وطلاب الدراسات العليا وأطباء الامتياز في نطاق الاختصاصات العربية التي انبثقت عن المجلس العربي للاختصاصات الطبية.

ويعمل أعضاء الهيئة التدريسية على تهيئة الأبحاث في مجال الاختصاص بالتضافر مع الأقسام الأكاديمية الأخرى، ويساهم القسم في تدريس طلاب وطالبات السنوات الخامسة والسادسة طب وطلاب الدراسات العليا وأطباء الامتياز بغرض التدرب على مناظرة الحالات المرضية، والوصول إلى تشخيصها وإيجاد العلاج لها، واكتساب المهارات السريرية وتفسير الظواهر المرضية، والفحوص المعملية واستنتاج التشخيص السليم منها.