أُحدث قسم وظائف الأعضاء عام 1432هـ، وهو أحد أبرز أقسام العلوم الطبية الأساسية في كلية الطب.

ويُعنى بتدريس مادة علم وظائف الأعضاء لطلاب السنة الثانية والثالثة من أجل تحصيل درجة البكالوريوس في الطب والجراحة في كلية الطب البشري.

ومع تقدم الجامعة وإحداث كليات جديدة وزيادة الاختصاصات توسعت مسؤوليات القسم ليدرِّس مادة علم وظائف الأعضاء لطلاب كلية العلوم الطبية التطبيقية.