أُحدث مركز الدراسات الإسلامية بموجب قرار المجلس الأعلى للجامعة رقم (2) في الجلسة الأولى بتاريخ 1403/20/5هـ، اعتباراً من التنمية التعليمية العامة للمملكة، ومواكبة لأهدافها الشاملة في توفير فرص التعليم وانتشاره على كافة المستويات، وتقدُّماً في نطاق أهداف جامعة أم القرى، فقدر أدركت كلية الشريعة والدراسات الإسلامية أنَّ الكثير من خريجي الكليات غير الشرعية ومثيلاتها يرغبون متابعة دراستهم العليا في الشريعة، إضافة إلى المتخرجين من الكليات الشرعية الذين لا تساعدهم أوضاع عملهم من الانضمام إلى الدراسات العليا خلال النهار، فاقترحت الكلية أن توفر لهم دراسة عليا نظامية تُعنى بالاختصاصات الشرعية والإسلامية، وتركز على تعزيز فهم الإسلام فهماً سليماً.