أُحدث قسم وظائف الأعضاء مع تأسيس الكلية، ويوفر مقرر وظائف الأعضاء لطلاب كلية الطب، ويهدف إلى استيعاب الوظيفة الطبيعية للكائن الحي الصحيح، وكسب نظرة متبصرة عن وظيفة نظم الأعضاء الفردية، ويشرف القسم على البحوث الطلابية ومشاريع الجودة في الدراسات الطبية​​.