وهي فترة انضمَّت فيها كليتي الشريعة والتربية إلى جامعة الملك عبد العزيز بجدَّة، كشطر من الجامعة في مكة المكرمة، وانتهت هذه الفترة بافتتاح كلية التربية في الطائف، وإحداث مراكز علمية جديدة.

أُحدثت العديد من الكليات بعد نشوء الجامعة عام 1401هـ، واستكمالاً لأقسام كلية الشريعة والدراسات الإسلامية مع كلية التربية ومعهد اللغة العربية، فأنشئت خمس كليات في العقد الأول من القرن الخامس عشر وهي: كلية الدعوة وأصول الدين، كلية اللغة العربية، كلية العلوم التطبيقية، كلية العلوم الاجتماعية، كلية الهندسة والعمارة الإسلامية، وكلية التربية بالطائف التي اُفتتحت عام 1400هـ، وأصبح عدد الكليات (12) كلية بعد إحداث كلية الطب والعلوم الطبية في مكة عام 1416هـ، وإحالة عمادة خدمة المجتمع إلى كلية مستقلة، مع اعتماد معهد خاص بتعليم اللغة العربية للناطقين بغيرها، ومعهد لأبحاث الحج، وكلية للمجتمع في الباحة.

وأضيف الكثير من الاختصاصات، وبدأت الجامعة بمنح درجة البكالوريوس والدبلوم العالي والماجستير والدكتوراه في علوم الشريعة واللغة العربية والتربية، والعلوم الاجتماعية والتطبيقية والطب والهندسة.

وبلغ عدد طلاب الجامعة ما يقارب (30) ألف طالب وطالبة في مقر الجامعة الرئيسي بمكة، ومع زيادة واضحة في تخصص الكليات، مما يسهم في سدِّ حاجات المجتمع، ومتطلبات خطط التنمية من الكوادر المؤهلة للخدمة.

واختيرت منطقة العابدية جنوب شرقي مكة المكرمة موقعاً جديداً للجامعة، والتي تشرف مباشرة على صعيد عرفات، وقام بوضع حجر الأساس لهذا المشروع الكبير خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبدالعزيز (رحمه الله) عام 1406هـ، ومن المتوقع أن يبدأ إنجاز المرحلة الثانية قريباً.

وفي عام 1414هـ انتقلت إلى الأبنية الجديدة كلاً من كلية الشريعة والدراسات الإسلامية، الكلية الرائدة في العلوم الشرعية، والتي أحرزت الاعتماد الأكاديمي من رابطة العالم الإسلامي، وكلية الهندسة والعمارة الإسلامية، وانتقلت كلية اللغة العربية إلى مبنى آخر في نهاية 1420هـ بعد أن كانت لفترة في الملحق.

وعند إحداث كلية الطب والعلوم الطبية عام 1417هـ، أُلحقت بمبنى كلية الهندسة والعمارة الإسلامية مؤقتاً، إلى أن استقرت بمكانها الجديد، والذي أنجزت المرحلة الأولى منه في زمن قياسي.

وتوزَّعت مقرات وكليات الجامعة على ثلاثة مواقع: العزيزية في مكة المكرمة، وتضمُّ أبنية الإدارة العامة والعمادات المساندة، وبعض الكليات، ومعهد خادم الحرمين الشريفين لأبحاث الحج والعمرة، وكلية خدمة المجتمع، ومعهد البحوث العلمية.

والمقر الثاني يقع بالزاهر ويضمُّ عمادة الدراسات الجامعية للطالبات، ومباني كلياتها ومرافقها، وأيضاً المدينة الجامعية الجديدة في العابدية.