نظراً لضرورة التكامل بين عمل القطاع الأهلي والحكومة في المملكة العربية السعودية، ومن أجل تفعيل خدمات التعليم الجامعي، فقد حفزت وزارة التعليم العالي إحداث الجامعات الأهلية في التخصصات المعرفية المختلفة.
ودعى أمير منطقة تبوك سمو الأمير فهد بن سلطان المستثمرين إلى تشيِّد جامعة أهلية، تكون مركزاً علمياً وإشعاعاً ثقافياً في المدينة نظراً لأهمية موقع تبوك في المنطقة.
أُحدثت جامعة الأمير فهد بن سلطان الأهلية عام 1424هـ بكلية الحاسب الآلي فقط إلى أن اُفتتح قسم الإناث مطلع العام الدراسي 1427/ 1428هـ، وإحداث كليتي الهندسة والأعمال في مطلع العام 1428/ 1429هـ بإشراف مجلس أمناء الجامعة.
تشمل الجامعة في هذا اليوم خمس كليات تمنح سبعة برامج تضمُّ عشرة تخصصات بدرجة البكالوريوس، وأربعة برامج بدرجة الماجستير تضمُّ ما يقارب خمسة عشر تخصصاً.