يرجع إنشاء جامعة الحدود الشمالية إلى عام 1402هـ، عندما شُيدت الكلية المتوسطة للبنات لأول مرَّة، والتي تعدُّ البذرة الأولى التي انبثقت منها الجامعة.
وفي عام 1408هـ فإنَّ الكلية المتوسطة للبنات أصبحت كلية المعلمين، بالتزامن مع حصولها على درجة البكالوريوس لأول مرَّة في تاريخها، وفي عام1426هـ أُنشئت كلية العلوم في عرعر، وكلية المجتمع في رفحاء، ليكونا فرعين لجامعة الملك عبد العزيز.
وأُصدر المرسوم الملكي بإحداث جامعة الحدود الشمالية عام 1428هـ، والتي دمجَتْ كلية المعلمين وفرعي جامعة الملك عبد العزيز في عرعر ورفحاء.
وما إن شُيدت جامعة الحدود الشمالية حتى أُحدثت بعدها مباشرة كليات جديدة حول الحرم الجامعي في عرعر بأقسام الطب، والصيدلة، والتمريض، وعلوم الحاسب، والعلوم الطبية التطبيقية، والهندسة، وإدارة الأعمال، إضافةً إلى فروع ثلاثة في رفحاء وطريف والعويقيلة.
وشهدت الجامعة تقدُّماً علمياً كبيراً، وهيأت انتقالاً معرفياً وتطوراً اجتماعياً واقتصادياً في المملكة.